〔記者林俊宏、賴仁中／台北報導〕高檢署查黑中心先辦國務機要費，再辦特別費，最後用相同法條「利用職務詐取財物罪」起訴兩案，法條相同，但案情其實有相當差異。

最大的相異處是，檢方認為國務機要費被詐取的主要金額，是總統夫人吳淑珍使用不實發票套出，再流回扁嫂口袋，因此涉及貪污。但當時陳水扁總統曾就此部分回應檢方，表示扁嫂並沒有放進自己口袋，而是交給他拿去用於其他機密外交或特支用途。

由於檢方的認定只有「前半截」，且未能經由實證排除陳總統的證詞，因此全案起訴後，爭議不迭。

特別費案不一樣，不僅特別費的重心是在不需單據部分，還因特別費的事實已被檢方查得很清楚，連馬英九也無法否認，才會在「犯意」等方面，陸續在偵訊時修正之前說詞。

特別費的問題，出在特別費不需單據部分，檢方認定馬英九將其中一千多萬元納入私囊，完全是這些錢從來沒有用出去，而且還被拿去申報財產。

不過兩案的被告一方，都有凸槌案情出現，國務機要費被告曾天賜等人，製造「甲君」不實案情，被檢方抓包，惟此一案情是否與府方高層有關，檢方未能證明。

馬英九部分則是，分明一開始就知特別費是公款，後來竟改口說是私款，犯了被告供詞「前後矛盾、說詞反覆」的兵家大忌。

扁馬否認貪污說法 均未獲檢方採信

此外，總統陳水扁應訊時強調，自己的薪水都自願減半，沒有貪污意圖，馬英九也主張，他捐了不少錢用於公益，怎會貪污，但雙方說法都未被檢方採信。

至於偵查程序上，兩案相同點不少，比如都由承辦檢察官暫調一審後具名偵結、都由高檢與北檢檢察長「合閱」書類後即行起訴等。